食品科学与工程学院成立于2001年，其前身为食品科学系。1984年10月，以园艺系果品蔬菜贮藏加工教研室的教职工和畜牧系畜产品加工课程、农学系农产品加工课程的部分教师为基础，正式筹建食品科学系。学校任命寇耀忠同志为系筹备组党务工作负责人，陈祖钺、程创基同志为系筹备领导组负责人。

1985年11月，学校对食品科学系领导班子进行了调整充实，刘敬斋为系党总支负责人，陈祖钺、程创基同志为系行政负责人。

1990年2月，信德俭任系副主任。

1990年10月，吕崇明任系党总支书记，李蒙召任系副主任主持行政工作。

1992年11月，李蒙召任系主任，王文生任系副主任。

1994年5月，信德俭任系党总支书记。

1995年4月，郝利平任系副主任。

1997年3月，王文生任系主任，蒋福虎任系副主任。

1999年1月，郝利平任系主任，王如福任系副主任。

1999年10月，吕崇明任系党总支书记。

2001年11月，经学校正式批准，食品科学系更名为食品科学与工程学院。吕崇明任院党总支书记，郝利平任院长。

2002年1月，张世海任院党总支副书记，王如福、蒋福虎任副院长。

2004年9月，任石涛任副院长。

2009年9月，校党委批准成立食品科学与工程学院党委。吕崇明任院党委书记，张世海任院党委副书记。

2010年12月，元纪明任食品学院党委书记。

2011年1月，贾昊昱任食品学院党委副书记。

2011年12月，王晓闻、王愈任食品学院副院长。

2014年1月，王晓闻任食品学院院长。

2014年3月，程刚任食品学院党委书记。

2017年7月，贾文龙任食品学院党委副书记。

2017年7月，冯翠萍任食品学院副院长。 

2020年6月，程刚任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）党委书记。

2020年6月，张立新任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）院长（所长）。

2020年6月，贾文龙任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）党委副书记。

2020年6月，王愈任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）副院长（副所长）。

2020年6月，冯翠萍任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）副院长（副所长）。

2020年11月，张晓宇任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）副院长（副所长）。

 2022年5月，郭志远任食品学院（农产品贮藏保鲜研究所）党委书记。