食品科学与工程专业隶属食品科学与工程学院，1995年设置，由“农产品贮运与加工专业”演化而来，是全国同类院校中最早设立的食品类专业之一。1998年申报并经国务院学位委员会批准“农产品加工及贮藏工程”硕士学位授权点，2003年申报并经国务院批准“食品科学”硕士学位授权点；2004年“农产品加工及贮藏工程”学科被确定为山西省重点扶持学科；2006年“农产品加工及贮藏工程”实验室被山西省教育厅确定为重点建设实验室；2006年“食品科学与工程”被评为省级品牌专业；2007年申报并经国务院批准“农业推广”食品加工与安全方向专业学位硕士授权点；2010年申报并经国务院批准“食品科学与工程一级学科硕士授权点”，同年申报并经国务院批准“工程硕士”食品工程方向专业学位硕士授权点。同时学院从2001年开始招收“食品科学与工程”专业双学位学生，2004年招收“食品质量与安全”函授本科学生。2011年被评为山西省高等学校特色专业。

食品科学与工程专业下设果品蔬菜加工工艺实验室、粮油食品工艺实验室、畜产品工艺实验室、果蔬贮藏实验室、微生物实验室、营养与卫生检验实验室，以及食品研究所，拥有较先进的加工设备和测试手段。校外已形成山西威特食品公司、太原汉波食品工业有限公司、长治市双龙食品有限公司、香河正大有限公司、山西太谷通宝醋业有限公司、山西旺达农副产品农副产品生态科技有限公司等稳定的实习基地，并与日本、美国、加拿大等国建立了广泛的学术联系，为培养食品科学与工程专业的高科技人才创造了良好条件。专业定位于以发展本科生教育为主，积极发展研究生教育。近年来，专业科学研究工作有了长足进步与发展，适应山西特色农产品加工的要求，在特色果蔬及小杂粮等植物资源加工利用、鲜枣等果蔬采后生理及贮藏技术、食品微生物与发酵技术、食品营养安全与畜产品加工等方面形成了稳定的研究方向。